淝水之战

淝水之战前夕，前秦东晋对峙图晋孝武帝时，谢安执政，桓冲为荆州刺史，防御荆襄地区；谢玄镇广陵，与谢安防御淮南地区。为了加强中央军力，晋孝武帝令谢玄招募淮南江北百姓，成立北府军 。 

370年前秦灭掉前燕后，前秦帝苻坚即有意灭东晋以统一天下。373年攻下东晋梁益二州。378年派苻丕围攻襄阳，朱序坚守，于隔年攻破，俘虏了朱序；又派彭超围攻彭城，却被谢玄率北府兵击败。382年吕光平定西域后，苻坚的目标指向东晋。隔年5月桓冲率10万军，意图夺回襄阳，苻坚派苻睿、慕容垂等人防御 。8月苻坚认为时机已到，率举国之师南征东晋，兵分三路，声势浩大 。他亲率步兵60万抵达项城，派苻融为先锋率27万兵攻打寿阳，梁成等人屯洛涧以控制淮河。晋廷震惊，谢安力持镇定，命谢石为前线大都督、谢玄为先锋，与谢琰、桓伊等人率8万北府兵北上救援 。 383年10月秦军前锋攻陷寿阳后，苻坚赶往指挥，并派朱序向谢石诸降劝降。但朱序尽泄秦军虚实，并建议速战速决。11月谢玄派刘牢之率五千精兵攻破洛涧，晋军西行，与秦军对峙淝水。12月有人向苻坚建议后退决战 。诸秦将认为阻敌淝水畔比较安全，但苻坚认为半渡而击可主动对决。当秦军后移时，晋军渡水突击，朱序于后军大喊秦军已败。此时秦军大乱，谢玄等人乘胜追击，秦军全面崩溃，苻融战死，苻坚中箭，孤身北返，后由慕容垂护送。此役晋军全面胜利，于东晋历史上意义非凡，史称淝水之战 。 

战后，谢安都督诸州军事，准备北伐支离破碎的前秦。384年谢安命谢玄、桓石虔率军北伐，谢玄等人自广陵北上，攻克鄄城、广固等地，并修建青州派（水利工程） 以运送粮草。此役收复山东、河南一带，将领土划至黄河以南。荆州军也成功收复四川、襄阳一带。谢玄继续北上，前锋刘牢之一度打到邺城。但专政朝廷的司马道子忌讳谢氏功高，朝议“以征役既久，宜置戍而还”，令谢玄回镇淮阴，最后北伐功败垂成 。 

朋党之乱

司马道子为晋孝武帝之弟，甚受信任。淝水之战后谢安谢玄被司马道子排挤，最后相继去世，朝廷逐渐混乱，北府军后由王恭等人统率。桓冲去世后，桓家后来由桓玄领导。390年晋孝武帝对司马道子不满，遂内以王珣、王雅入廷，外以王恭任兖州刺史、殷仲堪任荆州刺史；司马道子也引王国宝及王绪抗衡，朋党乱起。 

396年晋孝武帝被贵人张氏杀，太子继立，为晋安帝。398年王恭和 庾楷上表弹劾王国宝并领兵讨伐，殷仲堪遥援，吴姓世族也发民支持。司马道子畏惧，只好杀王国宝、王绪求和。之后司马道子听从司马尚之建议，任王愉江州刺史为外援。 

次年王恭联合荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄再度举兵。司马道子命其子司马元显为都督同王愉率军抵御。王愉被击败，联军攻至京师。司马元显收买刘牢之倒戈，王恭败死。殷仲堪与桓玄得知后退至寻阳，由桓玄任盟主，最后双方言和。朝廷为分化殷仲堪势力，任桓玄为江州刺史、殷仲堪为荆州刺史、其部下杨佺期为雍州刺史。399年桓玄杀殷杨二人，并其辖地 。 

司马元显担忧北府军不可靠，征江东豪族佃民以建立新军，称为“乐属”。这却使“东土嚣然”，引发民变，399年孙恩率众攻陷会稽，史称孙恩之乱。孙恩世奉五斗米道，五斗米道大受世族及平民信仰。400年孙恩扩张势力，江东豪族 及五斗米道纷纷响应，江东八郡完全沦陷。401年孙恩偱海路直袭丹徒，京师震撼。刘牢之派刘裕至海盐击败孙恩，孙恩乘船而退，又被刘裕击败。402年3月孙恩为临海太守辛景所败，投海而亡。余众由其妹夫卢循领导 。 

402年司马元显为免桓玄乘乱偷袭，抢先西征，任刘牢之为先锋，司马尚之为后部。桓玄也率军东下，大破司马尚之，刘牢之认为司马元显无用而倒戈，引桓军入建康。桓玄控制 朝廷，诛杀异己，先后杀司马元显与道子，夺取刘牢之兵权，诛戮部分北府将领，提拔北府将领刘裕。桓玄最初有意革新朝廷，但最后豪奢纵欲，政令无常，渐失人心。 

403年桓玄篡位称帝，建国桓楚。司马遵与毛璩等起兵拥晋后，刘裕同北府旧将何无忌、刘毅举兵，收复建康，桓玄挟晋安帝西撤江陵。而后桓玄又率军东下，被刘毅击败。最后桓玄逃往蜀地，途中被冯迁所杀。桓振、桓谦又挟晋安帝反抗，直到405年肃清桓氏势力，何无忌得以迎晋安帝复位，也掌控了朝廷 。