凌家滩遗址自1985年被发现，经过文物考古部门的五次大规模发掘，认定遗址其年代距今5500—5300年之间，是长江下游巢湖流域迄今发现面积最大、保存最完整的新石器时代人类聚落遗址。经遥感测定，凌家滩遗址的总面积达160万平方米，发现了大型祭祀，红陶块砌成水井和建筑遗迹，以及墓葬和大量的玉器、石器和陶器，足以佐证，凌家滩遗址是已存在政、军、神三权的有巢氏聚落中心。
20世纪90年代，安徽科技出版社出版方克逸主编《巢湖》人物篇明确记载：有巢氏“因居巢得名与有巢氏发明巢居有关，而被视为巢湖人。”2006年，巢湖籍学者宁业高研究员、钱玉春副研究员，合著的《中华始祖有巢氏论纲》，通过当代考古文物考证古今文献,论证巢湖流域是有巢氏生籍地望。2007年，凌家滩遗址第五次考古发掘，发掘领队张敬国研究员从M23墓葬所出土的300余件丰富文物分析，墓主人当是聚落中心的神权领袖。在远古时代，血缘氏族是人类从原始人群转变到氏族部落的重要标志之一，其基本特征是族民对先祖充满缅怀心理和崇拜意识。据此足以佐证：凌家滩的先民就是史料所记载的有巢氏，凌家滩遗址就是有巢氏时代的聚落中心，有巢氏的生籍地望就在巢湖流域。
巴蜀传说
荆楚之地也流传著有巢氏的传说。春秋时期，晋楚交战，楚共王“登巢车以望晋军”。这里的“巢车”，是在八轮车上树立一根高竿，竿上安辘轳，然后将一个方四尺、高五尺的板屋拉上高竿，用于窥探敌军动向，如同鸟巢一样。显然，这种“巢车”与楚地盛行的巢居文化不无联系，古人先在树上巢居，尔后才有了创造巢车的灵感。汉代扬雄《荆州箴》曾有“南巢茫茫，包荆与楚”之句，这里的“南巢”即是荆楚之地，夏代末年，这里生活着一个叫南巢氏的部落，是夏的同盟部族，夏桀还曾来此避难；后来，南巢逐渐成为荆楚之地巢居民族的通称，有学者认为，有巢氏可能正是来自于荆楚之地众多的巢居民族。
再或者，有巢氏是来自于巴蜀之地的一个古老部落。宋人罗泌的《路史》有过这样一条记载：“有巢氏居于 ”。清人张澍在《蜀典》一书中认为，这个“ 巢”，不是西南夷昆明族，便是一个叫弥牟镇的地方，而弥牟镇就在今天的新都县。透过甲骨文，似乎能找到另一条线索。历史上，周人对一个叫“巢”的小国并不友好，不远千里派兵征讨，似乎有什么深仇大恨，蜀人与周人也有过节，怪不得在周王朝的青铜器上，巢、蜀连在了一起。学者谭继和认为，巢、蜀两国可能相距不远，巢国与蜀国相连，它的得名，或许源于部落巢居的传统。昆明族，弥牟镇，靠近蜀地的巢国，无不彰显著有巢氏与巴蜀之地的神秘联系。
后世质疑
传说，有巢氏出生在九嶷山以南的苍梧，曾经游历仙山，得到仙人指点而有了超人的智慧。因受鸟类在树上筑巢的启发，最先发明了“巢居”。有巢氏指导人们用树枝和藤条在高大的树干上建造房屋，房屋的四壁和屋顶都用树枝遮挡得严严实实，既挡风避雨，又可防禽兽的攻击，人们从此不再过那种担惊受怕的日子。过去,有学者认为有巢氏出生地是苍梧（今湖南九嶷山以南），立都石楼山（今山西吕梁东北）。也有认为有巢氏的生籍在山东，或在山西、内蒙古等地。汉代纬书《遁甲开山图》说：“石楼山在琅玡，昔有巢氏治此山南”（《艺文类聚》卷十一引）。至于有巢氏治都于此，并无实据为凭。以致人们曾存疑问：有巢氏时期连一座像样的房子都没有，哪里会有都城呢？
