1984年，在中国科学院第五次学部委员（院士）大会上，被增选为中国科学院主席团执行主席。1992年，在中国科学院第六次学部委员（院士）大会上，被聘请为中国科学院学部主席团名誉主席。
1985年，钱学森因对中国战略导弹技术的贡献，作为第一获奖者和屠守锷、姚桐斌、郝复俭、梁思礼、庄逢甘、李绪鄂等获全国科技进步特等奖。
1986年，在政协第六届全国委员会第四次全体会议上，被增选为政协第六届全国委员会副主席，并相继当选为政协第七、第八届全国委员会副主席。
1987年，被聘为国防科学技术工业委员会科学技术委员会高级顾问。《社会主义现代化建设的科学和系统工程》出版。1987年5月3日，担任中国人体科学学会名誉理事长。
1988年，兼任政协第七届全国委员会科学技术委员会主任。获（1985年度）国家科技进步奖特等奖。《关于思维科学》出版。1988年，《论人体科学》出版。《创建人体科学》、《人体科学与现代科技发展纵横观》和《论人体科学与现代科技》分别于1989年、1996年、1998年出版。
1989年，获国际技术与技术交流大会和国际理工研究所授予的“W．F．小罗克韦尔奖章”“世界级科学与工程名人”和“国际理工研究所名誉成员”称号，获得一级英雄模范奖章。《钱学森文集（1938～1956）》出版。
1991年，在中国科学技术协会第四届全国委员会第一次全体会议上，被授予中国科学技术协会名誉主席称号。当选中国空气动力学研究会（1989年更名为中国空气动力学会）名誉理事长。当选中国系统工程学会名誉理事长。
1994年，在中国工程院第一次院士大会上，被选聘为中国工程院院士。《论地理科学》出版。《城市学与山水城市》出版。
1995年，获何梁何利基金颁发的首届（1994年度）“何梁何利基金优秀奖”（后改称“何梁何利基金科学与技术成就奖”）。
1995年，经中共中央宣传部批准，将西安交通大学图书馆命名为钱学森图书馆，时任国家主席江泽民为之题写了馆名。
1998年，被聘为解放军总装备部科学技术委员会高级顾问。在中国科学院第九次院士大会和中国工程院第四次院士大会上，被授予“中国科学院资深院士”“中国工程院资深院士”称号。
1999年，获中共中央、国务院、中央军委颁发“两弹一星功勋奖章”。
2000年，《钱学森手稿（1938～1955）》出版。
2001年12月11日，江泽民看望钱学森，当时的副总理李岚清也一同看望，《论宏观建筑与微观建筑》、《第六次产业革命通信集》、《创建系统学》出版。1995年、1996年和1999年江泽民曾先后三次到钱学森家中看望他。
2001年90岁生日时，钱学森在美国的好友Frank E. Marble教授受美国加州理工学院校长D.Baltimore委托，专程到北京将“杰出校友奖”的奖状和奖章当面颁发给钱学森并当选中国宇航学会名誉理事长。
2001年12月11日90大寿之时，钱学森为母校上海交通大学题词：“希望上海交通大学全体师生要继承和发扬母校优良传统，热爱祖国，崇尚科学，追求真理，报效人民，在二十一世纪，努力把上海交通大学建成世界一流大学。” 钱学森始终心系母校，充分发扬了交通大学饮水思源的光辉传统。
2009年10月31日北京时间上午8时6分，钱学森在北京逝世，享年98岁。
个人生活
钱学森的父亲钱均夫早年赴日本求学，1911年回国，曾担任浙江省教育厅厅长。钱均夫与蒋百里是莫逆之交。蒋百里被誉为“现代兵学之父”，当时就任国民政府保定陆军学校校长。蒋百里与其日本夫人生有5个女儿，钱均夫只有独子钱学森，蒋家答应将三女蒋英过继给钱家。
1935年，钱学森赴美留学，蒋英也跟随父亲远赴欧洲，在德国柏林上学，两人相互的书信传情，更加深了两人的情感。第二次世界大战结束后，蒋英到了美国，当时钱学森已经三十多岁，蒋英也有二十四岁，为了各自的事业，他们再次推迟了婚期，直到1947年，他们才在上海举行婚礼。
1935年8月，钱学森赴美深造，原本读的是航空工程专业，但在继续深造的问题上，他与父亲发生了争论。钱学森打算下一步攻读航天理论，但父亲回信说中国航天工业落后，落后就要挨打，还是研究飞机制造技术为好。钱学森则告诉父亲，中国在飞机制造领域与西方差得太多，只有掌握航天理论，才有超越西方的可能。蒋百里知道了钱家父子的分歧，他对老友钱均夫说到，欧美各国的航空研究趋向工程、理论一元化，工程是跟着理论走的。钱均夫听了这番话终于应允儿子继续学航天理论。 钱学森如释重负，从此对蒋百里感激不尽。
