安史之乱以后，徭役日重，人民多借寺院为逃避之所，寺院又乘均田制度的破坏，扩充庄园，驱使奴婢，并和上层官僚相勾结，逃免赋税，另外，寺院还放高利贷，从中牟利。寺院经济和国家利益的矛盾，日益加深。代宗时代，己有地方官查觉，上奏朝廷，但未得应有的限制，到敬宗、文宗时代，朝廷己起灭佛意图，仍未施行。
但是佛道之争一直没有间断。武宗身在藩邸之时就喜好道术，即位后更是崇尚道术，他将太上玄元皇帝老子的降诞日(二月二十五日)定为降圣节，全国休假一天;又在宫中设道场，在大明宫修筑望仙台，拜道士赵归真为师，对他们的长生不老之术和仙丹妙药十分迷信。武宗灭佛，主要是因为道士赵归真等得到信任，宣扬佛道不能并存。武宗也认为佛僧的存在影响了他修炼成仙，当时的道士还散布舆论说：“李氏十八子，昌运方尽，便有黑衣天子理国。”他们解释说：“黑衣者，僧人也。”就是说僧侣将取代李唐国统。这样的情况下，武宗灭佛就理所当然了。据说，为了维护道教，天下不准使用独脚车，这是因为独脚车会碾破道中心，会引起道士心不安。为了防止黑气上升，以防止“黑衣天子”出世，武宗还禁止民间豢养黑色的猪、黑狗、黑驴、黑牛等。这些说法未必可信，但是反映了武宗大举灭佛时的心理状态。
从会昌二年(842)起，到会昌五年彻底废佛达高潮。
从会昌二年(842)十月起，武宗下令凡违反佛教戒律的僧侣必须还俗，并没收其财产。这期间有个僧人自称能够做“剑轮”并能打败敌军，武宗准许他试做，结果不能做成，就把他杀了。此后，武宗陆续下令限制佛寺的僧侣人数，不得私自剃度，限制僧侣蓄养奴婢的数量，很多寺院被拆毁，大量的僧侣被强迫还俗。
会昌四年(844)二月，武宗降旨“不许供养佛牙”，同时规定：代州五台山及泗州普光寺、终南山五台寺、凤翔府法门寺等有佛指骨之处，严禁供养和瞻仰，如有一人送一钱者，背杖二十;若是僧尼在这些地方受一钱施舍者，背杖二十。到会昌五年(845)，又开始了更大规模的灭佛。他下令僧侣40岁以下者全部还俗，不久又规定为50岁以下，很快连50岁以上的如果没有祠部的度牒也要还俗，就连天竺和日本来的求法僧人也被强迫还俗。日本圆仁和尚在他写的《入唐求法巡礼行记》中详细记录了这次“法难”的情况。
朝廷下诏京都及东都，只准留佛寺二所，每寺留僧三十人，各道只留一寺，余皆毁去。
根据武宗的旨意，这年秋七月裁并天下佛寺。天下各地上州留寺一所，若是寺院破落不堪，便一律废毁;下州寺院全部拆废。长安和洛阳开始允许保留10寺，每寺僧10人。后来又规定各留两寺，每寺留僧30人。京师左街留慈恩寺和荐福寺，右街留西明寺和庄严寺。天下各地鎏金伎乐纹八棱银杯。
拆废寺院和铜像、钟磬，所得金、银、铜一律交付盐铁使铸钱，铁则交付本州铸为农器，还俗僧侣各自放归本籍充作国家的纳税户。如是外国人，送还本处收管。
武宗这次大规模的灭佛，天下一共拆除寺庙4600余所，拆招提、兰若4万余所，僧尼26万余人还俗成为国家的两税户，没收寺院所拥有的膏腴上田数千万顷，没收奴婢为两税户15万人，另外还强制大秦穆护、祆3000余人还俗。武宗灭佛沉重打击了寺院经济，增加了政府的纳税人口，扩大了国家的经济来源。
在“废佛”的过程中，对其它外来的四教：祅教、摩尼教、景教和回教，也都采取了相应的废除手段。凡国中所有的大秦寺(景教)，摩尼寺，一并撤毁;斥逐回纥教徒，多半道死;京城女摩尼七十人，无从栖身，统统自尽;景僧，祅僧二千余人，并放还俗。
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